Zegers bắt đầu sự nghiệp biểu diễn vào lúc 6 tuổi, trong các quảng cáo. Anh bắt đầu đóng phim vào năm 7 tuổi, với một vai nhỏ trong bộ phim hài của Michael J. Fox Life with Mickey. Sau đó, anh đóng một số vai nhỏ, như vai diễn khách mời trong series phim truyền hình The X-files. Anh bắt đầu được biết đến qua vai diễn chính trong bộ phim Chú chó Buddy (Air bud, 1997). Bộ phim xoay quanh câu chuyện về một chú chó biết chơi bóng rổ. Sau đó, Zegers xuất hiện trong 3 phần tiếp theo, với thể loại phim tương tự, MVP: Most Valuable Primate (2000). Bộ phim nói về một con tinh tinh biết chơi khúc côn cầu.

Trong những năm 1997 và 2004, Zegers tham gia đóng trong rất nhiều bộ phim kinh dị Canada với kinh phí thấp, như Nico and the Unicorn (1998), Komodo (1999), và Wrong turn (2003). Anh còn xuất hiện trong series phim truyền hình Mỹ, Titans (2004). Vai diễn này đã được Aaron Spelling dành riêng cho anh. Anh cũng đã từng làm việc với Yasmine Bleeth trong một bộ phim làm vào năm 1999 It came from the sky.

Sau khi tham gia bộ phim làm lại Dawn of the Dead, anh có một vai diễn chính trong bộ phim được đề cử giải Academy Award Transamerica (2005), cùng với Felicity Muffman. Trong bộ phim này, Zegers đóng vai con trai đồng tính của một người chuyển giới. Vai diễn này của anh được đánh giá cao bởi một số nhà phê bình điện ảnh, và đã mang lại cho anh giải diễn viên trẻ triển vọng (Chopard Award) trong Liên hoan phim Cannes 2006[1].

Năm 2009, Zegers được chỉ định đóng vai Clyde Barrow trong bộ phim làm lại Câu chuyện của Bonnie và Clyde (The story of Bonnie and Clyde) cùng với Hilary Duff[2].